Kawasan Taman Nasional Gunung Rinjani (TNGR) merupakan bagian dari ekosistem hutan Gunung Rinjani. Sebagian besar kawasan termasuk dalam tipe ekosistem hutan hujan tropis yang selalu basah sepanjang tahun di bagian selatan-barat, sebagian lagi merupakan tipe ekosistem yang kering yakni di bagian timur-utara. Tipe-tipe vegetasi bervariasi berdasarkan ketinggian tempat mulai dari hutan dataran rendah (di bawah 1500 mdpl), hutan pegunungan (1500-2000 mdpl) sampai vegetasi konifer di atas 2000 mdpl.
Hutan dataran rendah dan hutan hujan tropis pegunungan merupakan daerah terluas sekitar 45,11% luas kawasan TNGR dan merupakan hutan primer. Jenis-jenis vegetasi dominan yang tumbuh pada daerah ini seperti Bajur (Pterospermum javanicum), Kukun ( Sehrutenia ovata), Rerau (Podocarpus imbricatus), Garu (Disoxylum sp.), Benuang (Duabanga molluccana), Kemiri (Aleurites molluccana), Beringin (Ficus superba), Suren (Toona sureni), Bak-bakan (Engelhardia spicata), Keruing (Dipterocarpus hasseltii) dan beberapa jenis perdu, liana, anggrek, jamur dan paku-pakuan.
Hutan sekunder sebagian besar terdapat di bagian selatan dan sedikit di bagian lain yang dekat dengan pemukiman penduduk, dengan luas sekitar 15,8%. Hutan tanaman di bagian timur, yang umumnya merupakan
kawasan rehabilitasi, dengan jenis tanaman seperti Bajur (Pterospermum javanicum), Mahoni (Swietenia mahagoni), Durian (Durio zibethinus), Sonokeling (Dalbergia latifolia) dan Akasia (Acacia decurrens) kurang dari 3% luas kawasan TNGR. Vegetasi konifer dengan penyusun utama Cemara Gunung (Casuariana junghuhniana) dan vegetasi sub alpin dengan jenis-jenis seperti Edelweiss (Anaphalis viscida) dan Cantigi Gunung (Vaccinium varingiaefolium) , vegetasi kerdil dan sanggup tumbuh di tempat tumbuh yang ekstrim. Savana di bagian timur-utara cukup luas sekitar 25,2% dari luas kawasan TNGR. Savana ini merupakan bentukan alam sebagai hasil suksesi ratusan tahun. Dari savana ini kemudian diikuti dengan daerah tandus (daerah tanpa vegetasi) di atas nya atau kadang bercampur dengan tipe sub alpin, sekitar 7% dari luas kawasan TNGR.
Satu hal yang menarik dari tipe-tipe vegetasi di atas bahwa ada beberapa jenis yang membentuk dominasi tersendiri pada daerah tertentu, seperti Bak-bakan (Engelhardia spicata) yang terlihat nyata mendominasi di kawasan Senaru pada ketinggian sekitar 1500 mdpl, atau Keruing (Dipterocarpus hasseltii) yang membentuk tegakan tersendiri di kawasan Santong pada ketinggian sekitar 1000 mdpl yang tidak ada di kawasan lain TNGR.
Beberapa satwa penting endemik sub spesies di kawasan TNGR seperti Rusa Timor (Rusa timorensis floresiensis), Musang Rinjani (Paradoxurus hermaproditus rhindjanicus), Lutung (Tracyphitecus auratus cristatus), Burung Kakatua Jambul Kuning (Cacatua shulphurea parvula), Burung Cikukua Tanduk (Philemon Buceroides Neglectus), Burung Dawah Hutan (Ducula lacernulata Sasakensis).
Potensi keanekaragaman hayati spesifik jenis akan dijelaskan dalam artikel tersendiri.