Dari kelas Mamalia di kawasan TNGR terdapat 19 jenis, yakni Rusa Timor (Rusa timorensis floresiensis), Menjangan (Muntiacus muntjak), Babi hutan (Sus scrofa vitatus), Lutung (Tracyphitecus auratus cristatus), Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis), Musang Rinjani (Paradoxurus hermaproditus rindjanicus), Garangan (Viverricula indica), Trenggiling, (Manis javanica), Landak (Hystrix javanica), Kucing hutan (Felis bengalensis javanensis), Kucing Sisi (Felis planiceps), Bajing Gunung, (Tupaia montana), Bajing Terbang Ekor Merah (Lornys horsfield), Cynogale bennetti, Maxomys alticola, Acerodon macklotii prajae, Kalong/Giant Flying Fox (Pteropus vampyrus kopangi), Pipistrelus tenuis sewelanus, Tylonycteris pachypus bhaktii. Jenis-jenis dengan sub genus di atas adalah endemik pulau, beberapa jenis masuk dalam IUCN Redlist yakni Rusa Timor (Rusa timorensis floresiensis) kategori vulnearble dan Kalong/Giant Flying Fox (Pteropus vampyrus kopangi) kategori Near Threathened (IUCN, 2008).